צבא 2004-2007
יונתן התגייס לצבא בדצמבר 2004, ושירת בשירות סדיר עד דצמבר 2007 ביחידת מורן, היחידה המיוחדת של התותחנים שעסקה בטכנולוגיות חדשות ושימוש בכלים ייחודיים. את הטירונות הוא עשה במחנה שבטה, שם נערך טקס ההשבעה בינואר 2005. ב-2006 הוא סיים את המסלול, ואחרי זמן קצר עשה קורס מפקדים שהסתיים ביוני 2006, הכל במחנה רמון.
במסגרת תפקידו כמפקד, פיקד קודם על צוות חיילים צעירים ואחרי זה על צוות חיילים ותיקים. חלק מתקופת הפיקוד על הצעירים התרחש במלחמת לבנון השנייה. ב-2007 מונה כרס"פ בפלוגה מבצעית, ועסק בארגון אימונים, פעילויות מבצעיות ואירועים פלוגתיים. בנוסף, הוציא רישיון על סופה צבאית ורכב לבן.

"בהמשך תקופת ההכשרה, עלתה פלוגת הטירונות לגדוד, הממוקם בבסיס כנף 25 של חיל האוויר במצפה רמון. יונתן שובץ למחלקה 2 בגדוד, אשר עסקה בהכשרה המקצועית על אמצעי הלחימה של היחידה.
ההכשרה כללה מספר שיעורים עיוניים, ניווטים, מסדרים, שמירות מאהל, מסעות והרבה שעות במתקן הסימולציה, שבסופן יונתן זכה להסמכה כ-"כיוון" ולשמחתו הגדולה גם לנהג את הטיל בתרגיל המסכם של סיום תקופת ההכשרה.
עם עלייתו של יונתן אל הפלוגה המבצעית – פלוגת האריות, הוא הצטרף למשימות מחלקה צעירה בשגרה המבצעית של מוצב מגן דן, שכללה שמירות במוצב, סיורים לאורך הגדר ומשימות מזדמנות של רס"פ הפלוגה.
בתקופה זו, התחבר יונתן מאוד להווי הפלוגה שכלל ערבי "על האש" ו"דרבוק" (נס-קפה עם קרח שמעבירים מקנקן לקנקן). בתקופה זו נרקמו יחסי חברות טובה בינו לבין מפקדו דאז, גיא מורגנשטרן, שהתרשם ממנו והמליץ עליו לקורס מפקדים."

"יונתן סיים את שירותו כרס"פ אהוב ביותר, ועל אף שחרורו מצה"ל, הוא מעולם לא השתחרר מפלוגת האריות. הוא נשאר מעורה בנעשה בפלוגה גם לאחר שחרורו, ויזם את פרויקט ההנצחה של גבי אינגל, חייל הפלוגה, שנהרג בטיולו הגדול, לאחר שחרורו מצה"ל.
תקופתו של יונתן בצה"ל השפיעה רבות על המשך חייו, החל מבחירת עבודתו הראשונה שלאחר השחרור, באמצעותה חסך את כספו לטיול הגדול, דרך היעד בו בחר לטיולו הגדול, אותו קיים גם כן עם חבריו מהצבא ועד לטיולים נוספים שקיים ביתר חייו הבוגרים."

"כמו הרבה חבר'ה צעירים בשנים הראשונות שאחרי השחרור, גם יונתן טייל זמן רב בחו"ל, אך עם הזמן, התחיל להגיע לאימונים שהיו מתרחשים פעם בשנה בערך למשך שבועיים, שבוע אימון סימולטור ושבוע אימון שטח עם הכלים. בשלב מסוים, בערך בשנת 2012, יצא לי וליונתן להיות באותו בצוות של אחד ממפקדי המחלקות בפלוגה, סרן אמיר בילו. באימון השטח, עשינו תרגולת פינוי פצועים ואני הייתי צריך להיות "פצוע" אבל ממש לא רציתי.איך ששמענו שמפנים את הפצועים במסוק אז יונתן התנדב להיות "פצוע". עשינו את כל התרגולת, המסוק נוחת, ומתחילים להעלות את כולם ואז נגמר המקום במסוק, ומי נשאר על הקרקע, כמובן שיונתן. איך שהוא התעצבן אחרי זה..."

"בתעסוקה המבצעית האחרונה שביצענו ברמת הגולן, בקיץ 2018, יונתן התנדב להחליף אנשים שלא יכלו להגיע למילואים. גם בשירות זה, תמיד דאג למצוא איזה פינה יפה לעשות קפה, איזה מעיין טוב לטבול בו. גם בסדיר כמו במילואים הוא תמיד ראה בהווי הלא פורמלי את הגורם המחבר בין אנשים, דבר שהיה לו חשוב מאוד.
בחודש ינואר 2019 הוחלט לסגור את יחידת המילואים בה שירתנו יחד עם יונתן ונקבע כי כל מי שמבוגר מגיל 32 משוחרר משירות מילואים ובכך תם שירותו הצבאי של יונתן.במהלך שירות המילואים שארך יותר מעשור, ביצע יונתן עשרות רבות של ימי מילואים בהם עזב את חייו הרגילים ושירת את המדינה במסירות רבה. בחודש מרץ 2019 נערך כנס סגירת המערך התמוז במילואים. בשלב הזה יונתן כבר היה אי שם בדרום ארגנטינה במהלך הטיול שחיכה לו כל כך הרבה זמן."