ליונתן היו מעגלים רבים של חברים במשך חייו. בתקופת ילדות ובי"ס היסודי, היה לו מעגל מצומצם עם חברים קרובים, רובם מכיתתו או משכבתו (כמו מעין, חן, אהוד, אייל קינן וארז יניב), ובחט"ב התרחב המעגל עם כמה ילדים נוספים (כמו גיל וקס, אייל אייזיק ואלעד ליבוביץ). בכיתה י' הצטרף יונתן לצופים, ופתאום התווסף מעגל חדש של כ-15 חבר'ה שהפכו די מהר להיות חבורה של חברים "אחים". מתקופת הצופים ובמשך ה-18 השנים הבאות, היו נפגשים, מבלים ומטיילים ביחד בכל הזדמנות אפשרית.

עם השנים, התווספו מעגלי חברים חדשים: מהצבא ומילואים, מהטיולים בחו"ל, מהלימודים לתואר ראשון, ממידברן וממקומות עבודה שונים. לעיתים הייתה חפיפה בין המעגלים - למשל, כשחברים מהצופים או ממקום עבודה התיידדו עם חברים ממידברן או עם חברים מהלימודים. לעיתים קרובות החפיפה הייתה ביוזמתו של יונתן ובזכות יכולתו המיוחדת להתחבר עם אנשים שונים ולחבר ביניהם.

כך כתבו החברים מהלימודים בחוברת "סיפורים ותמונות – יונתן גורן", שחיברו לזכרו ביוני 2019:
"זה כמעט בלתי נתפס, אבל יונתן היה חבר טוב כמעט של כל אחד במחזור שלנו באוניברסיטה. הוא היה מעין חוליה מגשרת בין חבורות שונות ובין אנשים עם אופי שונה. איכשהו כולם הצליחו להתחבר אליו, וכולם נהנו לבלות איתו - בטיולים, בסיורים של האוניברסיטה, בנסיעות לחו"ל, או סתם ביומיום... בלמידה, בילויים או כדורגל, יונתן היה נוכח כולו בחוויה. תכונה זו הפכה את השהייה בסביבתו לחוויה מהנה במיוחד, מאחר ותמיד הקדיש את הזמן והאנרגיה שלו לסובבים אותו באותו הרגע".